딕스는 키르킨 측에 납치되고, NCIS는 러시아제 칩이 부착된 군사용 돌고래의 총격 사건을 수사한다. 넬은 빌에게 뜻밖의 제안을 받고, 헤티가 돌아온다.
해군 정보관이 고문 끝에 살해되자 NCIS가 조엘과 협력해 수사한다. 조엘은 동일 수법으로 살해된 CIA 요원들이 더 있다는 정보를 전한다.
첨단 군사 기술 도난 사건 후의 유일한 생존자이자 조국을 위해 봉사하길 꿈꿔 온 청각 장애인 엔지니어가 기술 유출을 막고자 켄지와 NCIS를 돕는다.
NCIS는 사망한 테러리스트의 정교한 딥페이크 영상이 담긴 하드 드라이브를 확보하고, 이를 만든 위험한 기술을 회수하려 한다.
캘런과 NCIS 요원들은 애나가 어린 시절 자신을 스파이로 길러 낸 조직에 붙잡혀 있다는 사실을 알아내고, 애나가 러시아로 강제 송환 되기 전에 구출에 나선다.
러시아에 붙잡혀 고문당하고 있는 조엘을 구하기 위해, 캘런과 NCIS는 애나를 카티아에게 미끼로 내세운다.
넬은 카티아의 수색 상황을 캘런에게 숨긴 채 작전을 이어 가고, 캘런은 자신을 미행하던 인물을 추적하다 러시아인들로 가득한 외딴곳에서 애나와 마주한다.
캘런은 몇 달 전 추락한 러시아 항공기의 사건과 관련된 인물을 신문하기 위해 국가 대테러 센터를 찾지만, 오히려 러시아 첩자라는 의심을 받고 억류된다.
도시 전체 규모의 시위를 주도한 뒤 납치된 딸을 찾기 위해 샘은 전력을 다한다. 딕스는 NCIS에 복귀하고 캘런은 애나에 대한 단서를 쫓는다.
NCIS가 도난당한 국방 기술을 사들이려는 범죄 조직의 우두머리를 추적하는 가운데, 캘런은 애나에게 인생의 중대한 질문을 건넨다.
대규모 위조지폐 조직의 배후를 밝히려던 남성이 살해되자 NCIS가 수사에 착수하는데, 유력 용의자로 떠오른 낯익은 인물이 자신이 돌아온 진짜 이유를 밝힌다.
군사 기밀을 팔던 남성의 살인 사건을 수사하던 NCIS는 첨단 신경 기술을 보유한 의사의 납치 사건과 맞닥뜨린다.
크리스마스를 앞두고, 헤티의 지시를 받은 캘런은 위탁 가정 시절 함께 지낸 형제 부부의 마약 밀수 누명을 벗기기 위해 나선다.
국가 안보에 관한 정보를 얻기 위해, 켄지는 자신이 감옥에 보낸 뒤 자신에게 병적인 집착을 보이는 사이코패스와 마주한다.
강도 사건 현장에서 살해된 해군 예비역의 시신이 발견되자 NCIS는 범인을 찾기 위해 도둑들과 공조한다.
넬의 지시로 군사 기밀 제보자를 만나러 간 샘이 공격을 받아 위기에 처한다. 켄지와 딕스는 첫 집을 살지 말지 고민한다.
지난해 전쟁 범죄 혐의로 캘런과 샘이 체포한 중사가 재판을 앞둔 가운데, NCIS는 실종된 핵심 증인을 찾는다.
미국 영공을 지나던 러시아 폭격기가 사라지자 캘런과 샘은 무기와 정보를 확보하기 위해 사막에서 추적에 나선다. 한편 헤티는 넬에게 수수께끼 같은 임무를 맡긴다.
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